Posteriormente, en 1543 se instaló el Virreinato del Perú en sustitución de las viejas gobernaciones de Nueva Castilla y Nueva León lo que generó el traslado de la sede de la Real Audiencia de Panamá fue para la ciudad de los reyes, o Lima, la cual era la capital del nuevo virreinato en donde Blasco Núñez de Vela fue decretado como primer virrey del Perú. La Real Audiencia se formó de jueces mejor conocidos como “oidores” que respondieron al virrey.
Tras la captura del Cusco en 1534 por parte de Francisco Pizarro, los establecimientos iniciales comenzaron a desarrollarse. En ese hecho, se incitó una fuerte discusión por el control de seguidos viajes destinados a Birú, territorio Diego de Almagro peruano donde se especulaba que tenían enormes riquezas, entre Francisco Pizarro y Diego de Almagro. El enfrentamiento se pagó con la victoria de Pizarro, y la posterior ejecución de Almagro.
El virreinato duró cuarenta años de problemas administrativos, gracias a la disyuntiva de intereses entre los diferentes conquistadores y la diversa distribución de la tierra. No obstante, a mediados del siglo XVI, Francisco de Toledo, virrey del Perú, logró establecer –mediante la situación- un marco administrativo permanente que se extendería mediante todo el período colonial. En base a esto, la normalización de la situación, se dio por medio de la voluntad de Toledo, de incentivar un proceso organizador, proyectado poco a poco con el censo tributario, censo de pobladores nativos y la creación de un registro de los requerimientos naturales y humanos del Perú. Todo esto, permitió la fundación de los sistemas de trabajo (mita, repartimiento) que al final lograron posicionar al virreinato del Perú como uno de los más ricos e influyentes de la historia.

Primer virrey (1543)
Tras orrer el año 1543 , Blasco Núñez de Vela fue nombrado virrey , gobernador y capitán general de Perú para servir durante casi dos años donde hizo presencia la corona española quién lo envió para renovar el orden en el gobierno colonial y aplicar Nuevas Leyes. Sumergido en un mundo de influencias Bartolomé de las Casas -un sacerdote- influyó en la corona de la promulgación de las nuevas leyes tiempo después de ver el maltrato y la esclavitud a las que fueron sometidos los nativos. Bajo esta ley, los dueños de las encomiendas tenían que pagar su parte de los impuestos a la corona y el sistema de encomienda tenía que ser revocado para velar por la protección y mejora de la vida de los peruanos nativos.
En el intento de querer hacer cumplir la ley, Blasco Núñez luchó contra una grande oposición entre colonizadores y propietarios de encomiendas. En una secuencia de enfrentamientos con el gobierno colonial anterior y Gonzalo Pizarro, hermano de Francisco Pizarro la Audiencia disociado del virrey trató de destituirlo. Para 1544, fue enviado preso a la isla de San Lorenzo y luego a Panamá, donde fue dejado en libertad. Núñez de Vela regresó a Perú con un pequeño ejército y se enfrentó a Gonzalo Pizarro en la batalla de Iñaquito, en las afueras de Quito, Ecuador. Tiempo después de Vela fue decapitado y la colonia estuvo de nuevo en el poder de los conquistadores y no de la Corona de España.
Administración, economía y aricultura del virreinato del Perú
De acuerdo al ámbito administrativo, el virreinato está formado por dos cortes, las de Lima y Cusco las cuales fueron reemplazadas por gestiones tras las Reformas Borbónicas en el siglo XVIII. Como en los demás virreinatos, existieron- a su vez- organismos como los corregimientos que tenían a cargo la administración de zonas ocupadas por nativos, cabildos, que empleaban tareas administrativas parecidas a las que actualmente realizan los municipios y las autoridades indígenas que se encargaban de moderar.
La economía como una de las primeras fuentes siempre es el factor importante en todo período, en este caso, el ámbito económico la minería se consideró la primera actividad desarrollada en el virreinato. Si bien no fue la única actividad productiva que fue introducida por los colonizadores para la determinación de los cambios económicos, sociales e inclusive políticos. Para muchos historiadores fue revelador que frases como ¡Vale un Perú! o ¡Vale un Potosí! Se adaptaran y fuesen acertadas en la época colonial, debido a la marginación de aquellos soñaban con las riquezas del oro y la plata que el Perú producía.
Las fuertes tareas que se realizaban en la mina se llevaron a cabo por aborígenes que permanecían entre una y dos semanas en condiciones fuertes y sin poder salir del área de trabajo. Al inicio, la actividad marchó alrededor de pequeños almacenes, considerados grandes minas, en superficie donde los colones podían entrar gracias a las mejorías en las técnicas empleadas en dicho lugar. Fue en ese entonces donde la minería se consolidó como la actividad principal. Los principales yacimientos mineros fueron: Castrovirreyna, Cerro de Pasco, Cajabamba, Contumanza, Carabaya, Cayllama, Hualgayoc, Huancavelica y Potosí.
Una de ellas, Potosí, la cual aportaba dos tercios de la creación minera del Perú, estuvo hasta que en el año 1776 por la variación de jurisdicción a favor del Virreinato del Río de la Plata. Debido a las pésimas condiciones y fuerte trabajo emprendido por los aborígenes en la mina, eran seguidos los levantamientos de mineros que se visualizaban sistemáticamente acosados por las autoridades coloniales.
En base a esto, la agricultura y la ganadería prehispánicas también fueron consideradas y transformadas por la presentación de técnicas, clases e instrumentos de los conquistadores. Los jefes andinos también evolucionaron con la creación de nuevas formas de estructura social en la actividad agropecuaria.
En el Perú también se desarrollaron los conocidos “obrajes” (1545) que no son más que el primer taller proto-industriales sumergido en la manufactura de textiles e hilos de lana y algodón. En esta época actividades de esta índole, no se lograron desarrollar a causa del estricto control monopólico que del comercio ejercía sobre la metrópolis. Así como también no llegaron a tener el refinamiento logrado por los antiguos peruanos, la calidad de la producción no era suficiente para complacer y abastecer a los florecientes mercados urbanos y mineros. Los primeros obrajes fueron establecidos por los encomenderos, quienes monopolizaban el poder y la riqueza de las regiones.
Comercio (1545)
La comercialización de España permitió aplicar medidas de protección que favorecieron al monopolio de los puertos de Sevilla en España, Veracruz en México, Callao en el Perú, Panamá y Cartagena en Nueva Granada. Por consiguiente, debido a que Panamá y Cartagena fueron nombrados puertos de tránsito, el Callao terminó siendo el exclusivo puerto con autorización para comercializar en América, hecho que hizo que el Virreinato del Perú se convirtiera en el centro comercial de las colonias Españolas en América. Fue la preferencia de algunos puertos sobre otros, en este caso el Callao con respecto al resto de América quienes convirtieron el contrabando y la piratería en las principales actividades desarrolladas dirigidas por criollos y la segunda por corsarios ingleses y holandeses.
Asimismo, los metales preciosos sacados de las colonias americanas transformaron en la base de la expansión de España y el afianzamiento de las economías europeas, además de estimular su comercio exterior y permitirles proteger los numerosos enfrentamientos que formaron parte de las monarquías absolutistas en los inicios de la edad moderna. Por ello, en el siglo XVI se fundó una política comercial exclusiva en conjunto con una serie de instancias de control estatal que dejaran exportar la mayor cantidad de metales hacia la península del modo más eficaz.
Todo este auge por el comercio convirtió al puerto del Callao hasta bien entrada la época colonial en el más importante de la América española. Por eso no debería sorprender que fuera, en ese tiempo, víctima de ataques de piratas, corsarios y filibusteros.
Hacienda Pública en el Virreinato
El producto de las colonias americanas dependía de una hacienda pública organizada que encauzara de modo eficiente los ingresos percibidos por concepto de impuestos hacia las arcas de la corona. Dado que las posesiones americanas eran patrimonio de la monarquía española, se las denominaba hacienda real o real hacienda. Esta contaba con diferentes tipos de patrimonio; el que era del rey, el de la Corona y el fiscal.
Alzamientos Independentistas
La avanzada debilitación generó grandes consecuencias en el distanciamiento militar en que se encontraba sumergido Perú, quién sufrió dos ataques británicos uno en 1708 y el otro en 1709, todo esto, en el transcurso de la guerra de España. Los seguidos atropellos de las autoridades incentivaron varios pronunciamientos indígenas; entre ellas la del indio José Gabriel Condorcanqui, autodenominado Túpac Amaru II (1780-1781) y quién además se vio involucrado en los levantamientos capitalizadas por los criollos, que presentaban sentimientos emancipadores.
El virrey corrupto Manuel Amat se adueñó de todas las riquezas que bastaron, gracias a la venta de cargos y a la explotación de las minas de oro lo que generó una relevante actuación urbanística en Lima, y en el plano político para el impulso de la expansión española por el Pacífico Sur. Sus expediciones abordaron a Tahití y es por eso por lo que Chile, actualmente, tiene la soberanía sobre la isla de Pascua, a la que bautizó inicialmente como isla de San Carlos.
Así fue como la Independencia de EE.UU en 1776, la Revolución Francesa y el despotismo ilustrado español hicieron crecer la conciencia autonomista. A su vez fue la Universidad de San Marcos en su momento reformista y el Real Convictorio de San Carlos un emblemático centro religioso que ayudó a difundir los principios revolucionarios. Después de las abdicaciones de Bayona (1808) y de la implantación del régimen napoleónico en España, se formó en Chuquisaca la primera junta de Hispanoamérica en 1809.
Gracias a la intervención del virrey Abascal Perú el reducto realista se transformó durante la independencia. Es de esta manera como por medio de los intentos y rebeliones frustrados, entre 1806 y 1810 como los americanos se concentraron fieles a la corona frente a la invasión napoleónica, en la época que se llamó defidelismo colonial.
En el período de las Cortes de Cádiz, la imprenta libre y la creación de cabildos populares iniciaron una serie de libertades, pese a que el gobierno rudo y astuto de Abascal mantuvo al Perú como una ciudad del poder español en América y el punto de enfoque de la reacción realista. Por consiguiente, los ejércitos de Abascal, transferidos por generales peruanos en primera instancia -y más tarde por españoles- permanecieron en una oposición firme contra las tropas revolucionarios sudamericanas, que hasta 1816 no pudieron obtener ninguna ventaja positiva.
Fin del Virreinato
Se dice que el siglo XIX fue la época donde sucedieron distintos alzamientos independentistas a lo largo del continente y el Virreinato del Perú fue uno de ellos.
Chile declaró su independencia en 1818 después de la victoria del ejército de los Andes sobre los realistas y organizó junto con las Provincias Unidas del Río de la Plata una expedición militar al mando del Libertador general José de San Martín, la cual se presentó en el puerto de Pisco (al sur de Lima) el 8 de setiembre de 1820. A partir de ese momento, algunas provincias y pueblos del Perú empezaron a declarar su independencia de España, tales como Huamanga, Tarma, Lambayeque, Ferreñafe, Trujillo y Cajamarca.
Finalmente, en 1821 San Martín ocupó la capital virreinal (Lima) y declaró la Independencia del Perú el 28 de julio de 1821. La sede virreinal fue trasladada al Cusco y el virreinato español del Perú se posicionó en los territorios no independizados hasta el año 1824, en que —tras la Batalla de Ayacucho— se firmó la Capitulación de Ayacucho entre el general José de Cantera y Antonio José de Sucre al mando de las fuerzas militares revolucionarias poniendo fin al virreinato del Perú. La capitulación fue aceptada sin resistencia por Pío de Tristán y Moscoso a la cabeza del gobierno del virreinato peruano. El 7 de abril de 1825 el Alto Perú se independizó como República de Bolivia. En enero de 1826 se puso fin a toda resistencia militar en Chiloé y en El Callao.
Alzaminetos independentistas aleatorios del virreinato del Perú:
Alzamientos | Período |
Lucha emancipadora de San Martín | 1814-1822 |
Etapa independentista de Bolívar | 1822-1827 |
Andrés de Santa Cruz | 1792-1865 |
Resistencia de los soberanos incas | 1541-1571 |
Túpac Amaro I (muerto en el cusco) | 1572 |
Túpac Amaro II | 1740–1781 |
Garcilazo de la Vega, el Inca | 1539-1616 |