Cristóbal Colón en 1492 cuando estuvo recorriendo América por segunda vez descubrió lo que conocemos como la isla de Puerto Rico donde se presentó e ideó una capitulación que denominó -en 1504- a Vicente Yáñez Pinzón como el capitán de la isla de Puerto Rico que también es conocida como San Juan Bautista. La mayoría de los gobernantes de Puerto Rico, para la época, lograron grandes cosas para el país como fue el caso de Juan Ponce de León en 1510 cuando fue nombrado gobernador de Puerto Rico permitió la colonización de la isla fundada ese año como de Cáparra. Seguidamente ese mismo año se fundó San Germán y en 1511 el papa Julio II creó la Diócesis de Puerto Rico sufragánea de la Archidiócesis de Sevilla.
Fueron varios los países anexos a Puerto Rico que fueron incluidos y que causaron ciertas pérdidas como lo fue la de las islas menores a medida de que poco a poco fueron ocupadas por otros países. Un caso breve fue en 1519 cuando la jurisdicción fue ampliada para incluir a todas las Antillas menores y parte de la costa de Venezuela hasta la desembocadura del río Orinoco, conservando estos territorios hasta 1790. Además, Puerto Rico para entonces quedó a cargo de la jurisdicción de Santo Domingo luego de la instalación de la Real Audiencia de ese país en septiembre de 1526.
En los siglos XVI y XVII Puerto Rico estuvo regido por un gobernador dependiente del virrey de Nueva España luego de considerarse una provincia. Pero en el siglo XVIII fue cuando existió el intercambio de virreyes por capitanes generales de provincia -gracias a esto- y por medio de la independencia de las colonias americanas continentales; Puerto Rico siguió bajo el mando de un Capitán General, que al mismo tiempo cumplió tanto labores de fue gobernador general y presidente de la audiencia. Todas las competencias de gobierno se juntaron en este tiempo partiendo por la justicia, hacienda y guerra de provincia como representación del Gobierno español en la Isla. Todo varió y estuvo intermitente hasta la rendición de Puerto Rico a los Estados Unidos de América en 1898.
En 1898 del ministerio de la guerra generó el envío de la documentación de los ejércitos de Cuba y Puerto Rico al Archivo General Militar de Segovia. Fue para entonces cuando se agregó el fondo de la capitanía general de Puerto Rico en la sexta sección donde la mayoría de la documentación quedó dentro de la capitanía de ese país de donde formó parte de los fondos del Archivo General.

Puerto Rico en la época colonial
La llave a las Antillas fue la nominación que le dieron a Puerto Rico cuando España lo colonizó y lo resguardó contra las demás potencias europeas que hacían acto de presencia en el Caribe por su localización estratégica. La exclusividad persistió en ámbito comercial entre España y sus colonias formándolas como dependientes de las paradas de embarcaciones españolas y así poder abastecerse de cualquier de otra cosa fuera de una realidad anárquica. Inicialmente, con el desarrollo colonial en Puerto Rico, se buscaba extraer oro sin darle relevancia a la producción agrícola, situación, que más adelante representó un enorme problema para la isla, ya dependiente y de abandonada por España.
Puerto Rico en el siglo XVI debido a la falta de mano de obra se dejó de buscar oro en la isla que estaba invadida de este rubro que a destiempo -cuando ya no había nada- recobró su búsqueda. Luego de esto, España perdió interés en Puerto Rico para enfocarse en otros países -como Perú- donde ya se habían descubierto grandes cantidades de oro. Las muchas cantidades de oro fueron transportadas y requerían un sistema que las protegiera contra ataques corsarios donde España adoptó el sistema de flotas y galeones, lo cual hizo que Puerto Rico ya no fuese una parada en el viaje a las otras colonias. La isla entonces perdió toda importancia para España y fue abandonada casi por completo.
Al principio, aquellos que gobernaban en Puerto Rico trabajaron para asegurar el envío de barcos anualmente con lo necesario. Acto que no fue suficiente debido a que el contrabando se transformó en una herramienta de supervivencia puertorriqueña. No existió éxito en la persecución de los contrabandistas ya que hasta los funcionarios gubernamentales y los obispos patrocinaban el comercio ilegal.
En el informe, el Mariscal O’Reilly se dialogó de cómo se erradicaría el contrabando en caso de que Puerto Rico estableciera una producción agrícola mayor, de manera que -económicamente- beneficiara a España y que generara una exitosa producción de alimentos a los puertorriqueños. Luego de diversos ataques por parte de los corsarios a San Juan en 1634 decidieron alartar a la ciudad como medida preventiva. La ciudad de San Juan se convirtió entonces en un lugar de aislado a comparación al resto de la isla por medio de las diferencias en sus composiciones poblacionales, prácticas económicas y sus infraestructuras. La construcción de una muralla solo afianzó la distancia entre la ciudad y el resto de la isla.
Debido a la falta de rutas que hicieran los viajes más fáciles de una a otra se creó la de San Juan y “la isla” en base a la diferencia entre sus habitantes. En la capital vivían mayormente los españoles y criollos pudientes y familiarizados con la vida de la ciudad. Aquellos que se conocían como los hacendados, mulatos y negros cimarrones, vivían esparcidos, aislados de cualquier multitud. Los funcionarios gubernamentales establecían de, esta manera, leyes convenientes a ellos. Fray Damián López de Haro fue uno de los obispos españoles que produjo los encuentros de cleros espantados por el desorden de las zonas rurales de Borinquen; estos no estaban capacitados para hacer una relación entre la extrema pobreza de la isla y mucho menos con aquellas parejas que convivían en pecado.
Real audiencia de Puerto Rico
La Real Audiencia de Puerto Rico se conoció como el tribunal de la corona española en la isla la cuál fue fundada por el real decreto del 19 de junio de 1831. La audiencia estuvo conformada por el gobernador como presidente ex-oficio hasta el año 1861 y por medio de la instalación de la real audiencia de Santo Domingo en 1526, Puerto Rico se vio bajo su jurisdicción. El 19 de junio de 1831 el decreto del rey Fernando VII fundó la real audiencia de Puerto Rico que permitió su instalación en julio de 1832 teniendo como presidente el gobernador y capitán general hasta 1861 el cuál separó al gobernador de esta función. En 1854 fue creada una segunda sala de justicia en la real audiencia. Al pasar Puerto Rico a la soberanía de los Estados Unidos por medio del tratado de París en 1898, la real audiencia fue sustituida por la corte suprema de Puerto Rico.
La invasión de Estados Unidos a Puerto Rico el 25 de julio de 1898
Cuando la nación española conmemoró el día de su patrono nacional las tropas estadounidenses al mando llegaron a Puerto Rico para invadirlo al sur de la isla, por la bahía de Guánica. Esto generó el inicio de una campaña militar que tres meses después terminaría con la salida del último gobernador de España en la Isla. De esta manera finalizaron casi cuatro siglos de coloniaje español e inició el dominio de Estados Unidos sobre Puerto Rico.
El hecho de la invasión de 1898 se da en el contexto de la Guerra que se conoció como Hispanoamericana que inició dos meses después de la explotación de un buque de guerra en la bahía de la Habana. A pesar de que España insistió en no tener culpa del siniestro fue la excusa que buscaba el gobierno de Estados Unidos para sacar a España del Caribe y establecer las bases necesarias para sus planes imperiales. Sin embargo, se habían elaboró tres opciones de ataque una de ellas fue la del ataque a Cuba y Puerto Rico para obligar a España a pelear lejos de sus bases pero sin alejarse de los Estados Unidos. Es importante resaltar que Puerto Rico siempre se incluyó en los planes a pesar de que la isla en ese momento no estaba enfrentándose contra España.
La sociedad estadounidense estuvo convencida de que la guerra contra España tenía que ser necesaria para liberar a Cuba mediante una campaña de falsos testimonios y exageraciones por parte de los principales periódicos. Estuvo en lo cierto, después de todo, que la liberación de Cuba era una excusa y prueba de que las primeras operaciones navales de los enfrentamientos fueron en Filipinas con la primera victoria para Estados Unidos. Por otra parte comenzó el bloqueo de San Juan de Puerto Rico donde el capitán puertorriqueño Ángel Rivero Méndez quién disparó contra el buque Yale desde el fuerte San Cristóbal. El 12 de mayo ocurrió el bombardeo de la ciudad capital por parte del Almirante Sampson.
A la vista de muchas personas que trepaban murallas hubo combates entre cruceros españoles y estadounidenses. El 17 de julio -cuando se inauguraba el gobierno autonómico en Puerto Rico- España fue derrotada en Santiago de Cuba. Días después de esa derrota el gobierno español dio inicio a los trámites para solicitar el armisticio para ponerle fin a la guerra sin estropear los planes de invadir a Puerto Rico.
Diputación provincial de Puerto Rico
La diputación provincial de Puerto Rico es -actualmente- un estado libre asociado y se consideró como una institución política de la antigua provincia de Puerto Rico fundada a raíz de la constitución de Cádiz en 1812 donde insistió constantemente hasta la ocupación estadounidense de Puerto Rico en 1898. Su constitución estuvo bajo el control las juntas superiores provinciales dependientes de la junta suprema de España e Indias fundada como gobierno tentativo de España en plena guerra del francés.
En julio de 1812 Salvador Meléndez Bruna que para ese momento era el gobernador de Puerto Rico declaró la vigencia de la constitución de Cádiz estableciéndola el 24 de ese mes. La Constitución de Cádiz fue la que separó al gobierno político que estuvo ejercido por el capitán general de la isla. Esta fue eliminada muchas veces pero siempre influenció por el Gobernador que gozaba y se aprovechaba de los poderes análogos a los que mostraba frente a los municipios. La autoridad fue dada al presidente y a su vez a la comisión ejecutiva convirtiéndolo en un órgano importante.
La diputación inicialmente estaba presidida por un gobernador que era acompañado por el Intendente y siete miembros electos que estaban sujetos a suspensión por el rey y previa notificación a las Cortes. De esta manera carecía de competencias legislativas limitando su cometido a funciones administrativas y de asesoría la cual tuvo su sede en el edificio de la real intendencia establecida al lado oeste de la plaza de armas. El edificio de la diputación provincial fue construido entre los años de 1849 y 1851 para albergar un mercado en la esquina norte de las calles San José y San Francisco, junto a la Real Intendencia. En 1866 se inauguró la biblioteca y las aulas de dibujo del instituto de segunda enseñanza.
Finalmente cuando fue otorgada la carta autonómica de Puerto Rico el 24 de noviembre de 1897, la diputación, tal como sucedería con las comunidades autónomas uni-provinciales, cedió sus instalaciones a las dos nuevas cámaras Insulares.